Melankolia, iki kız kardeşin hikâyelerini anlatıyor: Justine ve ablası Claire. Melankoliye dalan Justine depresyonda, kıyamet gününü aklından çıkaramayan hayatı bir drammış gibi yaşayan bir kadınken Claire, güya "normal" olandır. Justine'in düğün günü geldiğinde bütün aile şatafatlı tören için malikânede bir araya gelir. Parti ilerlerken von Trier'in bildik aile arızaları ortaya çıkmaya başlar. Üstelik Melankolia adı verilen bir gezegen, güneşin arkasında görülmediği yerden çıkmış dünyaya doğru gelmektedir. Yaklaşan kıyameti herkes kendine göre karşılayacaktır.