Hikâye, çok başarılı dedektif Harry Goodman’ın ortadan kaybolmasıyla başlıyor. Bu da 21 yaşındaki oğlu Tim’i ne olduğunu öğrenmek üzere harekete geçiriyor. Soruşturmaya Harry’nin eski Pokemon ortağı, son derece komik, kendi içinde bir bulmaca olan sevimli dedektif Pikachu yardım ediyor. İkili, bu esrarengiz ve karmaşık gizemi çözmek için güçlerini birleştiriyor.