Süper kötü Shredder hapishaneden kaçar ve dünyayı ele geçirmek için şeytani bir plan üzerinde çalışan çılgın bilimadamı Baxter Stockman ve iki ahmak fedai Bebop ve Rocksteady ile güçlerini birleştirir. Kaplumbağalar, Shredder ve yeni ekibiyle başa çıkmaya hazırlanırken kendilerini Shredder ile benzer amaçları güden, daha da büyük bir düşmanla -kötülüğüyle nam salmış Krang'le karşı karşıya bulurlar.