Konusu 2415 yılında geçen filmde Aeon Flux, ailesi hükümet ajanları tarafından öldürülünce, intikam isteğiyle yanıp tutuşmaktadır. Duvarlarla çevrili Bregna kentinin diktatör liderlerine karşı yeraltı isyanı başlatan üst düzey kadın ajanlardan Aeon Flux’a, Bregna kentinin tek kural koyucusu olan Trevor Goodchild’a suikast düzenleme görevi verilir Ancak bu görevine başlarken o güne kadar bildiği herşey önemli bir sınavdan geçecektir.